Modernizó al Estado introduciendo leyes, creó nuevas instituciones, promulgó códigos, reglamentos, introdujo el habeas corpus. Instauró la educación gratuita y obligatoria, construyó escuelas y carreteras, entre muchos avances más. Zelaya tuvo cualidades de líder carismático y fue un caudillo. El poder lo obtuvo por sus propias cualidades y actividades personales y no se apoyó en herencias políticas ni institucionales.
Era partidario de la creación de los Estados Unidos de América Central, lo que le llevó a apoyar a otros partidos liberales de distintos países centroamericanos que pudieran defender el mismo proyecto, y a promover diversas conferencias unionistas centroamericanos, especialmente las cumbres presidenciales celebradas en Corinto y el Pacto de Corinto.
En enero de 1902 los gobiernos de Estados Unidos y México reconocieron la validez del Pacto de Corinto, así como la zona de libre comercio entre los países firmantes y la corte de arbitrio que allí se estableció. Zelaya estableció además un tratado centroamericano de paz y comercio y estaba listo para iniciar la construcción del canal interoceánico por Nicaragua, que era la principal prioridad de la política estadounidense. A pesar de los esfuerzos diplomáticos de Zelaya, el canal nunca se construiría. Estados Unidos decidió construirlo en la provincia colombiana de Panamá, decisión que crearía serias tensiones entre ambos países y obligó a Zelaya a buscar apoyo en otras naciones económicamente poderosas. Importantes personajes como Porfirio Díaz de México, José María Vargas, cónsul de Nicaragua en París y el escritor Rubén Darío tomaron partido por la posición de Zelaya, quien veía en el canal interoceánico un gran desarrollo económico para su país.